Nell'ambito della realizzazione delle "grandi opere" ARPAT svolge attività di supporto tecnico scientifico mirata alla verifica delle prescrizioni - es. corretta attuazione/realizzazione delle mitigazioni ambientali previste, corretta conduzione del monitoraggio ambientale, monitoraggio dei piani di utilizzo delle terre e rocce da scavo, evidenza di eventuali criticità, ecc. - previste nell'iter autorizzativo di cui alla procedura di VIA o emesse successivamente dagli Osservatori/Comitati di controllo.

L’attività viene svolta dal  Settore VIA/VAS della Direzione tecnica che opera secondo quanto previsto nelle convenzioni appositamente stipulate con gli Osservatori ambientali/Comitati tecnici di garanzia o di controllo preposti alle singole opere. In particolare ARPAT:

• effettua l’istruttoria dei documenti di previsione degli impatti e dei progetti di mitigazione;
• effettua verifiche sull'attuazione di quanto previsto, anche con accertamento nei cantieri;
• analizza i risultati del monitoraggio effettuato dai proponenti dell'opera;
• verifica, a campione e/o con cadenze regolari, le misure e le metodiche di monitoraggio, in contraddittorio o con misure e verifiche in proprio.
• effettua la gestione e la risoluzione di eventuali criticità nel corso dei lavori e finalizzate alla migliore tutela delle risorse ambientali

Gli interlocutori principali di queste attività sono:

• Osservatorio ambientale: per il Nodo fiorentino dell'alta velocità
  

• Comitato di controllo: per la realizzazione delle tratte Barberino - Firenze Nord e Firenze Sud - Incisa della A1

• Comitato tecnico di garanzia: per la realizzazione della tratta A1 Firenze Nord - Firenze Sud

• Osservatorio ambientale e socio-economico: per la realizzazione della Variante di valico della A1
  

Analoga attività di supporto è svolta per la realizzazione della Strada E78 Fano -Grosseto, pur non essendo costituito, per l'opera, un apposito organo di controllo/garanzia